Asamblea de Socios: instancia de decisión de los socios de la Corporación Chile Transparente. Corresponde a la Asamblea aprobar la cuenta anual de la Corporación y elegir el Directorio.

Directorio: compuesto por nueve miembros elegidos por la Asamblea de Socios, dirige y administra la Corporación.

Consejo Asesor: instancia integrada por personalidades distinguidas en campos diversos, invitados por el Directorio. Le corresponde asesorar al Directorio en lo relacionado con sus actividades y programas.

Director Ejecutivo: Responsable de la administración directa de la Corporación, de la ejecución del plan de acción institucional y del cumplimiento de los acuerdos adoptados por el Directorio.  Es designado por el Directorio.

Director de Estudios: Responsable de la elaboración de los informes técnicos y estudios de la Corporación y de la supervisión técnica de los proyectos y grupos de trabajo de Chile Transparente. Es designado por el Presidente de la Corporación y el Director Ejecutivo.